V době „bez státní příslušnosti“po smrti Ivana Hrozného začali bojaři s nemocným a slabým Fjodorem otevřený boj o moc. Nejsilnější z nich byl bývalý oprichnik Godunov. Po smrti Theodora shromáždil patriarcha Job zemský Sobor, aby zvolil nového panovníka. V této katedrále se sešla rada patriarchy, bojarská duma a servisní lidé a zástupci obchodního a průmyslového obyvatelstva Moskvy. Nejpravděpodobnějšími kandidáty byli dva lidé: carův švagr Boris Fjodorovič Godunov a bratranec cara Fjodora, nejstaršího syna Nikity Romanoviče - Fjodor Nikitič Romanov.
Léta vlády Borise Godunova přišla v těžké době v historii ruského státu. Bylo to období od roku 1598 do roku 1605. Ve skutečnosti byl budoucí car u moci již za nemocného syna Ivana Hrozného, Fjodora.
Vláda Borise Godunova začala nejednoznačně. V únoru 1598 koncil nabídl trůn Borisovi, ten však odmítl. Aby souhlasil, byl uspořádán náboženský průvod do Panenského kláštera, kde byl Boris u své sestry. Budoucí král byl nucen souhlasit s nástupem na trůn. Volba Godunova byla tedy populární. Nicméně zároveňvěřilo se, že se tajně uchýlil k výhrůžkám a úplatkům, aby toho dosáhl.
Boris byl provdán za království teprve 1. září, přesvědčen o síle lidových voleb. Vláda Borise Godunova po celé své délce se vyznačovala extrémní opatrností. Bál se pokusů o jeho moc, zlikvidoval všechny bojary, kteří mu byli podezřelí. Jeho skutečným soupeřem byl pouze Fedor Nikitich Romanov, v důsledku čehož byli všichni Romanovci postaveni před soud za obvinění ze spiknutí proti panovníkovi. Bojaři neměli cara rádi a považovali ho za nástupce Hrozného s jeho pronásledováním šlechty.
Vláda Borise Godunova byla pokračováním Fjodorovy politiky, nebo spíše toho, co dělal Godunov pod ním. Všemi prostředky se snažil obnovit blahobyt lidí, narušený v éře Grozného. V zahraniční politice se snažil vyhýbat střetům, zdržet se nových válek. Záleželo mu na posílení spravedlnosti, chtěl být pro lid dobrým panovníkem. Prostým lidem dal skutečně mnoho výhod. Tři roky po sobě, od roku 1601, došlo k neúrodě, která vedla k masivním úmrtím hladem. Boris zorganizoval bezplatnou distribuci chleba hladovým z královské pokladny, zahájil velké stavby v hlavním městě, aby lidem poskytl příjem.
Vládu Borise Godunova provázel hladomor, loupeže, ale nebyla to jeho chyba. To však přispělo k růstu nespokojenosti s králem. Po hladomoru následovalo druhé neštěstí – lidové povstání samozvaného careviče Dmitrije. Během tohoto zápasu, BorisGodunov nečekaně zemřel (1605).
Godunov přikládal velký význam evropskému vzdělání. Král komunikoval se zahraničními specialisty v oblasti techniky a medicíny, ochotně je vzal do veřejné služby. Posílal mladé lidi do cizích zemí, plánoval zařídit moskevské školy cizím způsobem. Zformoval vojenský oddíl Němců podle zahraničního vzoru. Za Godunova byla moskevská vláda jasně přitahována k užším kontaktům s osvíceným Západem ak asimilaci evropských znalostí.
Vládu Borise Godunova tedy stručně popisuje většina historiků. Mnozí pochybují o tom, jak legálně získal moc, protože věří, že jeho dílem byla vražda nejmladšího syna Hrozných, careviče Dmitrije, v Uglichu.
